PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
http://www.pubmed.com
- YLEISTÄ
- AIHEENMUKAINEN HAKU
- TAVALLISIA RAJAUKSIA
- PREVIEW/INDEX JA CLIPBOARD
- JULKAISUTYYPILLÄ RAJAAMINEN
- TULOSTUS
- HAKUPROFIILIN TALLENNUS
- TEKIJÄNMUKAINEN HAKU
- LEHDENMUKAINEN HAKU
- KLIINISIIN TUTKIMUKSIIN KOHDISTUVA HAKU
- TIETEELLISEEN NÄYTTÖÖN PERUSTUVA HAKU
- TULEVAISUUS
Medline-tietokanta sisältää yli 14 miljoonan artikkeliviitteen tiedot tiivistelmineen eli abstrakteineen (n. 80%:ssa) 4600 lääketieteellisestä, hoitotieteellisestä, hammaslääketieteellisestä ja eläinlääketieteellisestä lehdestä järjestelmällisesti vuodesta 1952 lähtien. Mukaan ei oteta lehtien julkaisemia kongressiabstrakteja. Lehdistä 80% on englanninkielisiä, ja tiivistelmät ovat aina englanninkielisiä. Lehdet edustavat kaikkiaan yli 50 eri alkuperäiskieltä, mutta hakukieli on englanti.
Tietokannan ylläpitäjällä USA:n National Library of Medicinellä (NLM) on tällä hetkellä sopimus n. 4300 lehden artikkeleiden koko teksteihin, joihin pääsee näpäyttämällä Abstract- ja Citation-tulostusmuodoissa olevaa lehden logoa, sillä edellytyksellä, että omalla organisaatiolla on myös tilaus samaan elektroniseen lehteen. NLM sekä maamme tieteelliset kirjastot neuvottelevat koko ajan kustantajien kanssa verkkolehtisopimuksista, joten elektronisten kokotekstilehtien lukumäärä kasvaa jatkuvasti.
Medline-tietokantaan pääsee monen välittäjän kautta, mutta heinäkuusta 1997 lähtien on tietokanta ollut haettavissa Internetin kautta maksutta koko maailmassa PubMed-käyttöliittymän kautta. Haku tapahtuu tietokannan ylläpitäjän NLM:n omasta tietokoneesta, ja tietokanta on hyvin ajan tasalla, sillä viitetietoja lisätään päivittäin.
PubMed/Medlineen pääsee useiden kirjastojen kotisivuilta tai yllä olevista Internet-osoitteista.
Medline-tietokannan lisäksi PubMed-ruudulta pääsee muihinkin tietokantoihin (Nucleotide, Genome jne.), jotka on lähinnä tarkoitettu molekulaarisen lääketieteen tutkijoille. OMIM-tietokanta sisältää monipuolista tietoa perinnöllisistä sairauksista sekä linkit PubMedin viittauksiin.
Tarkemmat käyttöohjeet englanniksi ovat klikattavissa PubMed-ruudun vasemmassa laidassa olevalla sinisellä alueella kohdassa Help.
Kun kirjoitat hakuruutuun hakusanan/sanoja, hakee järjestelmä ko. sanaa/sanoja kaikista haettavissa olevista kentistä.
Esim. jos haet All Fields -valinnalla sanalla heart, tulevat mukaan myös artikkelit niistä lehdistä, joiden nimessä esiintyy sana heart. Jos käytät All Fields-kenttää, muista katkaista hakusanasi *:llä, jotta saat sanan kaikki eri taivutusmuodot mukaan.
Hakiessasi All Fieldsistä mukaan tulevat myös varsinaiset MeSH-termikentät ja järjestelmä ottaa ne mukaan, jos antamasi sana on täsmälleen MeSH-termin kaltainen eikä sanaa ole katkaistu.
Omilla sanoilla hakua täytyy aina käyttää haettaessa aivan viimeisimpiä artikkeleita, sillä niille ei vielä ole ehditty antaa MeSH-termejä (ks. 2.1).
MeSH on lyhenne sanoista Medical Subject Headings ja se viittaa Medline-tietokannan valvottuun sanastoon eli tesaurukseen. MeSH-tesaurus käsittää n. 22 000 termiä, jotka on järjestetty hierarkkisesti. Tesaurus tarkistetaan vuosittain ja uusia termejä lisätään sekä vanhentuneet termit kytketään uudistettuihin. Hakiessa voi käyttää kaikkia tesauruksessa esiintyviä sanoja ja jos hakee laajalla termillä, järjestelmä ottaa explode-toimintonsa avulla automaattisesti mukaan kaikki spesifimmätkin termit. Kullekin artikkelille annetaan sisältöä kuvailtaessa eli indeksoitaessa 5-25 MeSH-termiä, joista osa on Major Topiceja, ks. alla. Kun artikkeleiden sisältö kuvaillaan eli indeksoidaan, käytetään aina mahdollisimman tarkkaa termiä, mikä on hyvä muistaa hakiessakin. Jos siis etsit verenpaineesta vain porttilaskimon painetta, hae MeSH-termillä portal pressure.
Tesaurukseen on siis valittu "standarditermit" kuvaamaan tiettyjä käsitteitä riippumatta siitä, millä sanoilla asiat on artikkelissa ilmaistu. MeSH-termi kattaa siis kaikki synonyymit eikä niitä tarvitse erikseen mainita, kuten omilla sanoilla haettaessa. MeSH-tesauruksen sanoilla voit hakea seuraavista kentistä:
MeSH Major Topicissa haku rajoittuu niihin artikkeleihin, joissa etsimäsi asia on pääasiana. Näin on hyvä hakea, jos aiheesta on paljon kirjoitettu.
MeSH Terms-kentässä haku kohdistuu niihin artikkeleihin, joissa ko. termi on, vaikka se olisi sivuasiakin. Näin kannattaa hakea, jos asiaa on tutkittu vähän.
Kun haet MeSH-termeillä, ei sanoja katkaista. Sanat ovat aina Amerikan englannin oikeinkirjoituksen mukaisia.
Suurena etuna MeSH-termejä käytettäessä on, että haku on järjestelmällistä ja asiaankuulumattomia viitteitä tulee vähemmän kuin vapaalla sanalla haettaessa. Järjestelmä etsii todellakin sitä asiaa, jota artikkelissa käsitellään eikä vain kirjainyhdistelmää missä yhteydessä tahansa, kuten omilla sanoilla haettaessa.
Vaikeutena MeSH-termeillä haettaessa on, että täytyy tietää, missä muodossa sanat ovat tesauruksessa. PubMedissä kannattaa hakea sanat esille vasemmalla sinisellä alueella olevasta kohdasta PubMed Services > MeSH Database ja liittää ne sieltä suoraan hakuun. Kun etsit jollakin sanalla, tulee ruutuun näkyviin numeroituina kaikki termit, joissa etsimäsi sana esiintyy. Katso ne läpi ja valitse oikea. Klikkaa ruutuun haluamasi termi ja paina painiketta Send to Search Box with AND/OR/NOT. Tällöin valitsemasi termi tulee vielä näkyviin ruutuun, johon voit suoraan yhdistää uuden sanan ANDillä, ORilla tai NOTilla ja sen jälkeen lähettää yhdistelmä haettavaksi viitetietokannan puolelle. Tämä ei kuitenkaan välttämättä ole suositeltavaa, sillä jos haluaa muuttaa termien yhdistelyä, täytyy koko sanojen valintaprosessi aloittaa alusta.
Kaikki hakusi tallentuvat hakuruudun alla olevaa kohtaan History ja sieltä voit etsiä yhdisteltävien termien numerot. Haluamasi hakulausekkeen viitteisiin pääset klikkaamalla sinisellä merkityyä viitteiden lukumäärää.
Voit myös klikata itse sanaa, jolloin seuraavassa ruudussa näet ko. termin kanssa mahdolliset tarkentimet (subheadings), joilla voit jo rajata hakuasi; voit valita niitä useammankin kerrallaan ja ne ORautuvat hakuruutuun. Samoin tällä ruudulla on mahdollisuus rajata aiheesi pääasiaksi artikkelissa: Restrict Search to Major Topic headings only. Rullaamalla ruutua alaspäin saat näkyviin tesauruksen hierarkian ja etsimäsi termin aseman siinä. Termi voi kuulua useampaan hierarkiaan, mihin yleisesti ottaen ei tarvitse kiinnittää huomiota.
Tesauruksen termeihin kuuluu myös ns. scope notes eli lyhyt selostus termin sisällöstä.
MeSH-selailu ei kuitenkaan vielä ohjaa hakijaa kovin hyvin eteenpäin eikä automaattisesti kytke hakijan käyttämää omaa sanaa oikeaan MeSH-termiin. Hyvä keino saada hakusanoja esille on hakea haluttu asia Title Wordina ja valita sen jälkeen tulostusmuodoksi Citation, jolloin abstraktin jälkeen tulevat MeSH-termit myös näkyviin. Joskus ei myöskään päästä riittävän täsmälliseen tulokseen MeSH-termeillä haettaessa.
MEDLINEssa on ns. explode-toiminta, joka ottaa jokaisesta suuremmasta sanakäsitteestä mukaan myös hierarkian kaikkein tarkimmatkin termit, esim. blood pressure ottaa mukaan myös käsitteen portal pressure ilman, että sitä tarvitsee erikseen mainita. Järjestelmä tekee tämän automaattisesti eikä hakijan tarvitse tietää siitä erikseen mitään.
Usein paras tapa hakea on MeSH-termien ja omien sanojen yhdistelmällä, myös siksi, että vain MeSH-termeillä haettaessa jäävät uusimmat viitteet pois, jotka ovat vasta odottamassa sisällönkuvailua MeSH-termeillä. Viipeessä on kuitenkin yleensä kyse vain muutamasta kuukaudesta keskeisten lehtien kohdalla.
Esimerkki.
Haluat artikkeleita korkea verenpaineen ja tupakanpolton välisestä yhteydestä.
Mene MeSH Databaseen ja etsi sieltä hypertension. Merkitse se pikku ruutuun ja paina Send to Search Box –painiketta ja sitten vielä Search PubMed –painiketta. Nyt haku siirtyy PubMedin puolelle ja ilmoittaa löydettyjen viitteiden lukumäärän.
Tee samoin termin smoking kohdalla. Kun olet hakenut kaikki haluamasi termit PubMedistä, mene siellä kohtaan History ja valitse sieltä yhdisteltävät numerot, esim. #1 AND #2.
Voit myös mennä hakuruudun alla olevasta Limitsistä All Fields-kohtaan ja vaihtaa sen MeSH Terms- tai MeSH Major Topic -kentäksi.
Kirjoita hakuikkunaan hypertension ja paina Go-painiketta.
Paina Clear-painiketta ja kirjoita hakuikkunaan smoking
tai tiedontarpeesi mukaan smoking OR nicotine OR tobacco tai jokainen erikseen
ja paina Go-painiketta. Mene tämän jälkeen hakuikkunan alla olevaan kohtaan History ja katso, mitkä numerot hakulausekkeesi ovat saaneet. Kirjoita tämän jälkeen hakusanojen yhdistelmä hakuikkunaan, esim.
#1 AND #2
tai
#1 AND (#2 OR #3 OR #4) ja paina Go.
Ks. myös kohdan 2.2. esimerkki.
Hakulausekkeita voi niiden numeroiden avulla yhdistellä vapaasti riippumatta siitä, mistä kentistä tai miten on haettu. Hakulausekkeiden numeroita voi myös yhdistellä omiin sanoihin ja MeSH-termeihin.
Yleisesti voidaan todeta, että jos hakutulos on olematon, on ensin syytä epäillä itseään ja sen jälkeen vasta järjestelmää ja tieteellistä tutkimusta. Tarkista nollatuloksen saatuasi ensimmäiseksi, että olet kirjoittanut englanninkieliset sanat oikein ja että kohdistat hakusi johonkin järkevään kenttään, sillä esim. asiasanoja ei löydy tekijäkentästä. Katso myös, ettei aikarajaus ole liian tiukka. Käy tarvittaessa läpi kaikki Limitsin rajaukset.
Jos haet omilla sanoilla kannattaa siis All Fields- kenttää mieluummin käyttää valikoituja kenttiä, varsinkin jos aiheesta on odotettavissa paljon viitteitä.
Title/Abstract Word
Jos kohdistat hakusi tähän kenttään, tulevat sanat mukaan otsikosta ja tiivistelmästä. Muista katkaista sana *:llä, jotta saat eri taivutusmuodot mukaan ja muista Englannin englannin ja Amerikan englannin erot oikeinkirjoituksessa. Mieti myös synonyymeja hakusanallesi.
Title Word
Tästä kentästä hakiessasi mukaan tulevat vain otsikon sanat. Muuten pätee sama kuin edelliseen. Muista katkaista hakusanasi *:llä.
Text Wordista haku yhdistää antamasi sanat myös mm. Medical Subject Headings -tesaurukseen eli valvottuun sanastoon ja antaa näin ollen myös viitteitä, joissa antamasi sana ei välttämättä näy otsikossa ja/tai tiivistelmässä.
Jos omilla sanoilla haettaessa hakusanasi muodostuu kahdesta tai useammasta sanasta (englannin yhdyssanat kirjoitetaan usein erikseen), on syytä panna tämä ns. fraasi lainausmerkkeihin,
esim. "breast cancer".
Tällöin järjestelmä vertaa etsimääsi fraasia omaan fraasiluetteloonsa. Jos hakusanasi löytyy, on tuloksena viitteitä, joissa fraasi esiintyy; ellei etsimääsi fraasia löydy, yhdistelee järjestelmä sanoja eri tavoin.
Haittana vapailla sanoilla haettaessa on, että järjestelmä etsii vain ko. sanaa eli kirjainyhdistelmää ilman että artikkeli välttämättä käsittelee etsittyä asiaa. Tämä tuo usein mukanaan runsaasti asiaankuulumattomia viitteitä. Samoin täytyy muistaa brittiläisen englannin ja Amerikan englannin oikeinkirjoituksen erot ja sanojen katkaisu sekä tietysti kaikki mahdolliset synonyymit ja eri tavat ilmaista ko. asia.
Etuna vapailla sanoilla haettaessa on, että näin pääsee helposti alkuun ja löytää yleensä aika mukavasti viitteitä ainakin alkajaisiksi. Usein haku on myös hyvin täsmällistä, joskaan ei kattavaa eikä systemaattista. Usein omilla sanoilla haettaessa kannattaa aloittaa haku Title-kentästä, sillä oletusarvona oleva All Fields tuo useimmiten runsaasti irrelevantteja viitteitä.
Esimerkki.
Tarvitset artikkeleita kohonneen verenpaineen ja tupakanpolton välisestä yhteydestä.
Valitse Title/Abstract ja kirjoita ruutuun
hypertensi* (katkaisu tähdellä tekee mahdolliseksi muodot hypertension ja hypertensive) ja paina Go-painiketta.
Järjestelmä hakee siis otsikon ja tiivistelmän. Jos haet All Fields, tulee mukaan myös esim. tekijän mahdollinen osoite "Research Institute for Hypertension". Varsinaisia MeSH-termejä ei tule mukaan, koska niistä kentistä haettaessa ei saa olla katkaisumerkkiä.
Samalla tavoin voit hakea sanan smoking tai laajemmin smok*
Kun olet hakenut sanat erikseen, voit mennä hakuikkunan alla olevaan kohtaan History, josta näet, että antamasi sanat ovat saaneet hakulausekenumerot. Nyt voit edetä yhdistämällä hakuikkunassa
#1 AND #2, jolloin mukaan tulevat artikkelit, joissa esiintyvät molemmat yllämainitut sanat.
HUOMAA, että risuaita on annettava numeron merkiksi, sillä jos unohdat sen, järjestelmä luulee numeroita hakusanoiksi ja etsii artikkelit, joissa esiintyvät numerot 1 ja 2.
HUOMAA, että hakusanoja yhdistävät sanat eli Boolen operaattorit AND, OR ja NOT on aina kirjoitettava isoilla kirjaimilla. Muuten isoilla ja pienillä kirjaimilla ei ole väliä .
Historyssa olevan hakuprofiilin eli hakusanojen yhdistelmän avulla ja NOT-sanan avulla voit myös sulkea pois jo tulostamiasi hakujoukkoja.
#1 hypertensi* AND smok* antaa tulokseksi esim. 25 viitettä, jotka tulostat
#2 "blood pressure" AND nicotine antaa tulokseksi esim. 10 viitettä, mutta luultavasti tässä on joku sama viite kuin edellisessä lausekkeessa
#3 #2 NOT #1 antaa siis tulokseksi viitteet, jotka eivät sisälly #1:een.
Haun voi tehdä myös yhdistämällä sanat suoraan samaan hakuikkunaan:
hypertensi* AND smok*
tai
(hypertensi* OR "blood pressure") AND (smok* OR nicotine OR tobacco), mutta yleensä on parempi varsinkin monimutkaisia hakuja tehdessä hakea sana kerrallaan ja sitten kokeilla erilaisia yhdistelmiä.
HUOMAA, että AND on vahvempi kuin OR, minkä vuoksi sulkumerkit ovat yllä olevassa esimerkissä välttämättömät, jotta hausta tulisi mielekäs.
Näytölle tulee löytyneiden viitteiden lukumäärä sekä 20 ensimmäisen viitteen lyhyet tiedot (Display Summary). Sen alla on Show 20, jonka luvun saat pudotusvalikosta muutetuksi suuremmaksi, jos haluat katsoa kaikki viitteet samalta "sivulta". Kun olet muuttanut luvun suuremmaksi, paina Display- painiketta uudestaan.
Vaihtamalla pudotusvalikosta Summaryn Abstractiksi ja painamalla Displaytä saat tiivistelmän ruudulle. Valikon Citation antaa lisäksi vielä MeSH-termit. Medline-tulostusmuoto antaa myös mm. lehden ISSN-numeron ja alkukielisen otsikon, jos se on muu kuin englanninkielinen. Tätä tulostusmuotoa tulee myös käyttää, jos haluaa sirtää viitteitä omaan tiedonhallintaohjelmaansa.
Omilla sanoilla hakua täytyy aina käyttää haettaessa aivan viimeisimpiä artikkeleita, sillä niille ei vielä ole ehditty antaa MeSH-termejä (ks. 2.1).
Kun olet PubMedissä, tee ensin hakusi ja mene sitten hakuikkunan alla olevaan kohtaan Limits ja valitse haluamasi yleiset rajoitukset. Näissä rajauksissa voi valita vain yhden vaihtoehdon; jos tarvitset useampia ks. 4. PREVIEW/INDEX.
Ages-pudotusvalikosta voit valita aiheeseesi sopivat ikäryhmät,
esim. All Child tai All Adult tai tarkemmat ikäryhmät.
Koska tietokannassa on yli 14 miljoonaa artikkelia yli viideltäkymmeneltä vuodelta, kannattaa yleensä rajata hakuun lyhyempi aika. Mene kohdan Publication Date viereen ja kirjoita ruudulla olevien ohjeiden mukaan haluamasi aika
esim. From 1995 … To 2003. Jälkimmäinen tieto ei ole pakollinen. Voit rajata myös kuukausilla ja päivillä
halutessasi ja tätä kannattaa käyttää esim. jos jatkuvasti seuraa uutta tutkimusta omista aiheistaan, ks. myös kohta 7. HAKUPROFIILIN TALLENNUS.
Kohdasta Languages voit valita yhden kielen ja yleisimmin kannattaa valita tietysti English.
Kohdasta Human or Animal voi valita Humanin kliinisiin tutkimuksiin tai Animalin kokeellisiin tutkimuksiin ja eläinlääketieteeseen. Kohdasta Subsets voit valita esim. vain hammaslääketieteelliset lehdet kattavan osan tai vain hoitotyöhön ja -tieteeseen liittyvät lehtiartikkelit. Tätä kannattaa kuitenkin empiä, sillä käyttämällä aiheenmukaiseen rajaukseen mieluummin hakusanoja saattaa saada iloisia yllätyksiä. Kohdasta Gender voit valita jompaankumpaan sukupuoleen kohdistuvat tutkimukset.
Ellet muuta mitään em. kohdista, tulevat mukaan kaikenikäisiä kumpaakin sukupuolta koskevat sekä kliiniset että kokeelliset tutkimukset vuodesta 1952 kaikilla Medlinen sisältämillä yli 50 eri kielellä.
Klikkaamalla Preview/Indexiä pääset katsomaan eri kenttiä ja esim. rajaamaan hakua useampaan kuin yhteen julkaisutyyppiin, kieleen, lehteen jne. Mene kohtaan AddTerm(s) to Query or View Index. Muuta oletusarvo All Fields haluamaksesi kentäksi ja kirjoita hakuruutuun valitsemasi sana tai sen alkukirjaimet ja paina Index. Varsinkin Title- , Title/Abstract- ja Text Word-kentistä voit etsiä sopivia hakusanoja. Author-kentästä voit hakea väärin muistamasi nimen oikeaa kirjoitusmuotoa, Language-kentästä voit valita useampia kieliä, Publication Types –kentästä erilaisia julkaisutyyppejä jne.
Kun olet Indexissä, voit valita esim. useampia kieliä tai julkaisutyyppejä painamalla Ctrl-näppäimen alas ja klikkaamalla haluamasi kohdat. Nämä kielet ORautuvat, paina sen jälkeen pudotusvalikon yllä olevista painikkeista tarkoituksenmukaista, esim. ANDia, jolloin valitsemasi sanat siirtyvät varsinaiseen hakuikkunaan ja yhdistyvät ANDillä ruudussa olevaan hakusanaan/hakulausekkeeseen. Sitten paina vielä Go, jotta haku tulee voimaan. Voit tehdä tämän myös tyhjään hakuruutuun ja myöhemmin yhdistää eri kielet, julkaisutyypit jne. asiaan.
Preview-toiminnolla pääset suoraan katsomaan hakusanasi antamaa viitteiden lukumäärää ja voit suoraan ryhtyä laajentamaan tai rajaamaan hakuasi.
Jos haluat poimia sopivat viitteet hakutuloksestasi odottamaan mahdollisia tulevia lisähakuja, merkkaa haluamasi viitteen vasemmalla puolella olevaan pikku ruutuun ja lähetä se Send-painikkeen avulla valikosta etsittyyn Clipboardiin. Tätä kannattaa käyttää, jos haluaa useasta hausta poimia sopivimmat viitteet yhdeksi tiedostoksi. Clipboardissa päällekkäiset viitteet poistuvat ja jos seuraavassa haussa tulee jo siirtämiäsi viitteitä, on niiden numero merkitty vihreällä. Kun haluat katsella tai tulostaa tänne tallettamiasi viitteitä, paina päähakuruudun alla olevaa kohtaa Clipboard.
5. JULKAISUTYYPILLÄ RAJAAMINEN
Samoin voit rajata julkaisutyypeillä valitsemalla Limitsistä kohdasta Publication Type pudotusvalikosta yhden kahdeksasta kategoriasta, esim. Review tai Randomized Controlled Trial.
Jos haluat mukaan jonkun muun tyypin kuin yhden näistä kahdeksasta tai useamman kerrallaan, mene hakuikkunan alla olevaan kohtaan Preview/Index, siellä pudotusvalikosta kohtaan Publication Type ja kirjoita hakuikkunaan esim. a ja paina painiketta Index, jolloin näet aakkosjärjestyksessä kaikki julkaisutyypit ja voit valita useamman pitäen Ctrl-näppäintä alhaalla ja klikkaamalla haluamasi kohdat. Valitsemasi julkaisutyypit ORautuvat ja painamalla AND-painiketta siirtyvät valitsemasi julkaisutyypit hakuruutuun ANDattuna ruudussa mahdollisesti olevaan termiin/hakulausekkeeseen. Paina sen jälkeen Go. Tieteellistä näyttöä osoittavat eriasteisesti seuraavat mm. julkaisutyypit:
clinical trial, controlled clinical trial, randomized controlled trial, meta-analysis, guideline, practice guideline, multicenter study, consensus development conference, review.
Ks. Myös kohta 11.
Viitteet ovat uutuusjärjestyksessä uusimmat ensin. Haun tulos näkyy ensin lyhyinä viitteitä (Summary), joiden vieressä oleva keltainen tyhjä sivu tarkoittaa, ettei viitteeseen liity abstraktia, viivoitettu sivu, että viitteeseen liittyy abstrakti ja viivoitettu sivu, jossa on oranssi tai vihreä yläosa, että viitteeseen liittyy luettavissa oleva kokoteksti. Jokaisesta viitteestä kannattaa kuitenkin tarkastaa myös abstract- tai citation-tulostusmuodosta lehden logoa painamalla, onko kokoteksti luettavissa oman organisaation tilausten perusteella.
6.1 Artikkelin kokotekstiin pääsy
PubMed sisältää vielä suurimmaksi osaksi viitteitä artikkeleihin, mutta tietokannan tuottajalla National Library of Medicinellä on tällä hetkellä sopimus n. 4300 lehden kanssa pääsystä suoraan artikkelin koko tekstiin. Tämä ei kuitenkaan anna kaikille tietokannan käyttäjille maksutonta pääsyä ko. lehtien artikkeleihin, mutta pääset lukemaan suoraan artikkeleita niistä lehdistä, joihin olet itse tai joihin organisaatiosi on ostanut käyttöoikeuden.
Jos haluat koko viitelistan samalle "sivulle", valitse Show-pudotusvalikosta suurempi luku (max. 500) kuin hakutuloksesi viitteiden määrä ja paina Display. Kun saat viitelistan näytölle, merkkaa hiirellä viitteiden vasemmalla puolella olevaan pikku ruutuun haluamasi viitteet. Kun olet katsonut viitteet loppuun tai niin pitkälle kuin jaksat, muuta Display-kohdassa olevasta pudotusvalikosta haluamasi tulostusmuoto, tavallisimmin Abstract tai Citation ja paina sen jälkeen Displaytä. Nyt saat näytölle merkkaamasi viitteet tiivistelmineen ja voit tulostaa ne koneesi työkalurivin tulostinta osoittavasta painikkeesta. Jos haluat tulostaa kaikki viitteet abstrakteineen käymättä niitä läpi, muuta tulostusmuoto suoraan haluamaksesi ja paina Display ja sen jälkeen koneesi tulostin-painiketta. Ongelma on, että tulostus jättää paperin oikeasta reunasta kirjaimia pois. Jos valitset Send-painikkeella tulostusmuodon Text, saat toisenlaisen tulostuksen, jossa kaikki kirjaimet ovat tallella.
Jos haluat valita artikkelit abstraktinäytöltä, merkkaa tulostettavat viitteet pikku ruutuun ja paina sen jälkeen vielä Display.
Voit myös siirtää viitteet Clipboardiin ja jatkaa uudella haulla, ks. kohta 4.
Voit myös katsoa abstraktin kustakin viitteestä erikseen klikkaamalla lyhyen viitteen sinisiä alleviivattuja tekijännimiä.
Viitteen oikeassa yläreunassa on kohta Related Articles ja Link Out. Näitä klikkaamalla pääset samaa aihetta käsitteleviin artikkeleihin, aiheeseen liittyviin kirjoihin ja www-lähteisiin. Related Articles kootaan vertaamalla yhteisten sanojen määrää artikkeleissa. Tätä kannattaa käyttää varsinkin, jos aiheesta on kirjoitettu vähän. Kirjalinkit lisääntyvät koko ajan ja niiden tarkoituksena on antaa taustatietoa artikkelissa käsitellystä asiasta.
Jos Abstract- tai Citation -tulostusmuodossa on lehden nimen alla logo, sitä klikkaamalla pääset lukemaan artikkelin kokonaan, edellyttäen, että itselläsi tai organisaatiollasi on sopimus ko. lehden kanssa.
6.3 Tulostus levykkeelle ja sähköpostiin
os haluat tulostaa levykkeelle, paina Send ja valitse pudotusvalikosta File. Hakutuloksesi tallentuu levykkeelle tekstitiedostona. Tästä voit käsitellä sitä edelleen omalla koneellasi esim. rtf-muotoon ja lähettää liitetiedostona haluttuun s-postiosoitteeseen. Haun tuloksen voi myös lähettää suoraan s-postiin PubMedistä valitsemalla Send-kohdan valikosta Emailin.
Jos käytät omaa tiedonhallintaohjelmaa, esim. EndNotea, Reference Manageria, RefWorksia tms., valitse tulostusmuoto MEDLINE. Lähetä hakusi tulos Send-kohdan valikosta Fileen. Näin saat mukaan tiedonhallintaohjelmaa varten tarvittavat erikoismerkinnät.
Jos haluat jatkuvasti seurata uusia viitteitä aiheestasi ja olet mielestäsi tehnyt hyvän asiasanojen yhdistelmän, hakuprofiilin, kannattaa tämä profiili tallentaa vastaisuuden varalle. Ruudun vasemmassa laidassa olevalla sinisellä alueella on PubMed Services > Cubby, jota klikkaamalla tulet ruutuun, jossa voit rekisteröidä itsesi Cubby-palveluun annettujen ohjeiden mukaisesti. Järjestelmä pitää tallessa hakuprofiilisi ja voit mennä hakemaan uusia viitteitä milloin vain. Järjestelmä tulostaa aina edellisen käyntisi jälkeen tulleet uudet viitteet. Muista antaa haullesi joku tarkoituksenmukainen nimi. Hakuprofiili tulee tarkistaa aina vuoden vaihteen jälkeen, sillä tällöin päivitetään MeSH-tesaurus.
Uutusvalvontaan voi myös käyttää PubCrawleria osoitteessa http./wwwpubcrawler.ie
Kun haet tietyn tekijän artikkeleita, valitse Limitsistä Author, kirjoita haluamasi tekijän nimi ruutuun muodossa niskanen l* ja paina Go. Järjestelmä tallettaa etunimistä myös koko nimen, jos se on artikkelissa mainittu, mutta hakiessa voi käyttää vain etunim(i)en alkukirjainta/mia. Varmin tapa hakea on katkaista *:llä ensimmäisen etukirjaimen jälkeen, sillä tutkijat käyttävät usein vaihdellen yhtä tai useampia etukirjaimia. Isoilla ja pienillä kirjaimilla ei ole eroa ja sukunimen ja etukirjaimen väliin tulee vain tyhjä lyönti.
Kun haluat hakea tietyn lehden artikkeleita, valitse Limitsistä Journal ja kirjoita lehden nimi joko kokonaisena tai Medline-lyhenteenä hakuikkunaan ja paina Go. Myös kansainvälisellä tunnistusnumerolla eli ISSN:lla voi hakea valitsemalla sen kentän pudotusvalikosta.
Lehtien nimet ja Medline-lyhenteet sekä ISSN:t löytyvät PubMed-ruudun sinisestä vasemmasta laidasta kohdasta PubMed Services > Journal Batabase.
10. KLIINISIIN TUTKIMUKSIIN KOHDISTUVA HAKU
PubMedissä on valmiiksi rajattu hakutapa kliinisiä tutkimuksia varten. Aloitussivun sinisessä vasemmassa laidassa on kohta PubMed Services > Clinical Queries, jota kautta voi hakea vain etiologiaa, diagnoosia, hoitoa ja ennustetta koskevia tutkimuksia. Näistä voi kuitenkin ottaa mukaan vain yhden kerrallaan. Lisäksi tässä voi vielä määritellä, haluaako kattavasti artikkeleita (sensitivity - tällöin mukaan tulee myös asiaankuulumattomia) vai tiukasti rajattuna täsmällisiä artikkeleita (specificity - tällöin jää todennäköisesti joitakin hyviä pois). Tulee kuitenkin muistaa, että tämä Clinical Queries -hakutapa on erittäin rajoitettu, sillä mukaan tulevat vain amerikkalaisesta näkökulmasta valitut keskeiset kliiniset lehdet. Ensimmäinen keino jättää pois kokeelliset työt on ottaa Limitsistä mukaan vain Human.
11. TIETEELLISEEN NÄYTTÖÖN PERUSTUVA HAKU
Viime vuosina on kiinnitetty huomiota lääketieteellisen tutkimuksen tieteelliseen tasoon, ja usein on hyvä rajata haku artikkeleihin, jotka täyttävät hyvän tieteellisen tutkimuksen kriteerit. Tällaiset haut vaativat jo aika hyvää järjestelmän rakenteen ja taustalla olevan ajattelun tuntemusta, joten ellet halua tutustua näin syvästi PubMediin, voit aina kääntyä kirjastosi puoleen ja pyytää asiantuntija-apua.
PubMedissä voi haun rajata MeSH-termien ja julkaisutyyppien avulla tieteelliseen näyttöön perustuviin tutkimuksiin. Tieteellisyyttä kuvaavat sanat ovat kuitenkin olleet vasta 1990-luvun loppupuolelta lähtien käytössä, joten kovin paljon vanhempaa aineistoa ei niillä voi systemaattisesti hakea.
Systematic reviews löytyy vasemmasta reunasta kohdasta Clinical Queries, ja se sisältää systemoidut ja muut katsaukset sekä meta-analyysit. Hakuikkunaan kirjoitetaan vain halutun hakulausekkeen numero, jonka löydät Historysta eikä hakua tarvitse tehdä uudestaan. Varsinaista julkaisutyyppiä tai MeSH-termiä systemoiduille katsauksille ei erikseen ole. Halutessa voi tietenkin hakea omin sanoin ”systematic review” kentistä All Fields tai Title/Abstract.
Sopivia MeSH-termejä tieteellisen näytön etsimiseen ovat esim. comparative study; double-blind method; evidence-based medicine; follow-up studies; meta-analysis; placebos; random allocation; sekä muut tutkimusta tai tutkimusmenetelmiä kuvaavat sanat. Kaikkein kattavimmin saa mukaan tietyt tieteelliset vaatimukset täyttävät julkaisut rajaamalla haku seuraavilla laajoilla MeSH-termeillä, jolloin tarkemmat termit tulevat automaattisesti mukaan explode-toiminnon avulla:
epidemiologic study characteristics, epidemiologic research design, evaluation studies, research design, outcome and process assessment health care, bias epidemiology, evidence-based medicine, placebos, comparative study.
Halutessasi voit tarkastella näitä termejä MeSH Dababasen kautta hierarkkisesta taulukosta.
Näppärä keino on hakea myös Title/Abstract -kentästä sanoilla Medline OR Embase OR Cochrane OR Cinahl jne., sillä jos tiivistelmässä on mainittu joku terveystieteiden tietokannoista, on artikkelissa mitä todennäköisimmin selostettu tutkimusta varten tehtyä hakua. Tämä on yleensä merkki tietystä tieteellisen näytön tasosta. Tämä tapa ei kuitenkaan ole mitenkään kattava.
Tietyt julkaisutyypit (Publication Types) osoittavat myös osaltaan tieteellisen näytön tasoa: controlled clinical trial; randomized controlled trial; meta-analysis; multicenter study; guideline; practice guideline; consensus development conference; evaluation studies; validation studies. Ks. kohta 5.
Ongelmana on, että julkaisutyypeistä Journal Article antaa tulokseksi tutkimuksia, joiden tieteellisyyden aste ei ole mitenkään todettu. Tätä julkaisutyyppiä ei kuitenkaan voi jättää pois hausta. National Library of Medicine ei ole aina kuvaillut jokaisen journal articlen sisältöä asiasanojen lisäksi tieteellisyyttä osoittavilla sanoilla. Yksi keino välttää "turhia" artikkeleita on yhdistää ensin Publication Type Journal Article tieteellistä näyttöä osoittaviin MeSH-termeihin ja edetä sitten kuten yllä on kuvattu.
Jos etsii vaikkapa viiden viime vuoden ajalta tieteelliseen näyttöön perustuvia tutkimuksia, pääsee aika pitkälle tekemällä ensin haun kokonaisuudessaan ja sitten rajaamalla ajalla sekä julkaisutyypillä Randomized controlled trials, minkä jälkeen valitaan Clinical Queries –kohdasta Systematic Reviews. Lopuksi ORataan näiden kahden haun tulokset, jolloin saadaan esille satunnaistetut kontrolloidut tutkimukset sekä meta-analyysit ja systemoidut katsaukset. Mukaan tulevat myös muutkin kuin systemoidut katsaukset, mutta se ei ole suuri haitta.
12. TULEVAISUUS
PubMed on kehittynyt tietotekniikan suomin keinoin perinteisestä kirjallisuusviitetietokannasta tietoavaruudessa linkeillä toimivaksi tietojärjestelmäksi. NLM tekee parhaillaan sopimuksia lehtien kustantajien ja tutkijoiden kanssa siitä, että tutkimuksen tulokset voitaisiin kokonaisuudessaan julkaistaan tiedon käyttäjälle ilmaiseksi PubMedissä samaan aikaan kuin lehdissäkin. Tällaisen julkaisemisen taustana on ajatus, että yhteisillä varoilla tehty tutkimus ja sen tulokset tulee olla kaikkien kansalaisten saatavilla ilman kustannuksia. Tämän kaltainen open access –julkaiseminen valtaa alaa perinteiseltä kustantajakeskeiseltä julkaisemiselta ja lähivuosina tutkimuksen julkaisukäytäntö saattaa muuttua hyvinkin paljon.
KYS Tieteellinen kirjasto Kuopion yliopiston kirjasto kys.kirj@kuh.fi
Sivu päivitetty 6.4.2004